Trên cơ sở kinh nghiệm và từ những thành công được cộng đồng khoa học quốc tế ghi nhận và đánh giá cao của các tổ chức khoa học Gặp gỡ Moriond (từ 1966) và Gặp gỡ Blois (từ 1989), năm 1993, Giáo sư Trần Thanh Vân - Chủ tịch của hai tổ chức khoa học này đã sáng lập Hội Khoa học Gặp gỡ Việt Nam nhằm hỗ trợ Việt Nam trong lĩnh vực khoa học và giáo dục. Trong suốt hơn 25 năm hoạt động khoa học và giáo dục tại quê hương, Hội Khoa học Gặp gỡ Việt Nam đã không ngừng xây dựng mạng lưới hợp tác nghiên cứu khoa học, kết nối lớp trẻ Việt Nam với bạn bè năm châu. Năm 2012, Hội Khoa học Gặp gỡ Việt Nam trở thành đối tác chính thức của Tổ chức Giáo dục, Khoa học và Văn hóa Liên Hiệp Quốc.

Hội đã tổ chức 15 lần các chuỗi hội nghị khoa học "Gặp gỡ Việt Nam", thu hút hàng nghìn nhà khoa học danh tiếng, nhiều nhà khoa học đoạt Giải Nobel đến tham gia. Các khóa học Quốc tế theo chuyên đề cũng được tổ chức để đào tạo chuyên sâu về nghiên cứu khoa học cho sinh viên, nghiên cứu viên trẻ của Việt Nam và Châu Á, tụ họp khoảng 100 sinh viên châu Á và hơn 20 giáo sư quốc tế trình độ cao giảng dạy hàng năm. Về giáo dục, từ năm 1994, hội đã thành lập quỹ học bổng cho nghiên sinh và ừ năm 2001, với quỹ ValletGặp gỡ Việt Nam” và quỹ “ValletFellowship”, hội đã trao hơn 25 nghìn học bổng cho học sinh sinh viên Việt Nam với tổng số tiền hơn 200 tỷ đồng. Hiện nay, học bổng khuyến học, khuyến tài Vallet-Gặp gỡ Việt nam đã được tổ chức trao cho hầu hết các địa phương trên cả nước với kinh phí mỗi năm tương đương khoảng 25 tỷ đồng.  

Phối hợp với các giáo sư Pháp và các sở giáo dục địa phương, Hội Khoa học Gặp gỡ Việt Nam đã đào tạo hơn 1500 giáo viên giảng dạy kiến thức khoa học theo phương pháp “Bàn tay nặn bột - La main à la pâte” giai đoạn từ 2000-2010. Từ năm 2011, Bộ Giáo dục và Đào tạo Việt Nam đã quyết định đưa phương pháp “Bàn tay nặn bột” vào giảng dạy chính thức trong trường Tiểu học và THCS tại Việt Nam và đồng hành cùng Hội Khoa học Gặp gỡ Việt Nam để triển khai tập huấn phương pháp dạy học này hàng năm cũng như quyết định thành lập Trung tâm thực nghiệm phương pháp Bàn tay nặn bột tại Quy Nhơn Bình Định. Không chỉ chăm lo cho thế hệ tương lai, nhân tài của Đất nước, GS. Trần Thanh Vân và phu nhân, GS. Lê Kim Ngọc đã dành nhiều thời gian và công sức để tìm ngân khoản, kêu gọi bạn bè quốc tế giúp đỡ xây dựng 3 làng trẻ em SOS tại Đà Lạt (1974), Huế (2000, trước đây là Trung tâm bảo trợ trẻ em Thủy Xuân) và Đồng Hới (2006); xây dựng trường dạy nghề làm bánh mỳ, bánh ngọt Pháp tại Huế (1999).